La scuola di Atene è certamente un manuale di filosofia antica. Sono ritratti tutti i più grandi filosofi dell'antica Grecia e tutti i maggior concetti filosofici. Certamente rivestono un ruolo più importante due personaggi, posti proprio al centro del dipinto e sul piano di mezzo: Platone e Aristotele. I discepoli li seguono a lato. Mentre gli alti filosofi sono in primo piano posti ai lati, attorno a loro alcuni discepoli. Particolare è il modo in cui Raffaello dipinge alcuni filosofi. Essi hanno le sembianze dei più grandi artisti del Rinascimento. Per esempio Platone ha le sembianze di Leonardo da Vinci; ma sono presenti anche Michelangelo e Bramante.Ma iniziamo l'analisi filosofica dell'opera. Partendo proprio dal fulcro dell'affresco: i due grandi filosofi ateniesi. Platone e Aristotele sono sicuramente le figure guida della filosofia, ma dai pensieri nettamente differenti. Il vecchio Platone alza leggermente il braccio destro indicando con l'inidice verso l'alto. Indica sicuramente il pensiero del discepolo di Socrate rivolto al mondo delle idee ovvero l'Iperuranio, di natura metafisica. Aristotele invece allunga il braccio destro, che sta a significare il suo pensiero di natura fisica e matematica e molto legaro alla terra.
Inoltre essi con la sinistra reggono dei libri. Platone regge il suo Timeo mentre il filosofo di Stagire regge la sua Etica.
Gli altri filosofi sono Epicuro all'estrema sinistra; Eraclito al centro con le sembianze di Michelangelo; ed Euclide a destra con le sembinaze di Bramante. Vi sono presenti anche Pitagora a sinistra, Socrate e Ipazia.
L'ambiente e lo sfondo, dalla perfetta prospettiva, sembrano quelli di grandi e spessi archi finemente decorati che possono richiamare antiche strutture greche dove si potevano svolgere dialoghi culturali.
L'opera, che ricade nel periodo romano di Raffaello, mostra non solo la sua matura bravura, ma anche la sua cultura al livello filosofico e teologico, visto che opposto a quest'affresco ve ne è un altro, La disputa del Sacramento, che tratta proprio di quest'argomento.